化妝品GMP工廠，關鍵的管制區有:秤料室、製造場所的製造室、充填室以及儲放半成品的半成品室。這些管制區必須是潔淨區域，建議至少須有10萬級的無塵潔淨室。
化妝品優良製造準則第三章廠房及設施第十七條化粧品製造場所應有充足之通風或其他適當替代措施。條文中雖無明訂要[無塵室]的字眼，但因化妝品的製造，從配料開始打開原料桶秤料，投入機器攪拌或乳化，然後變成半成品要儲存，等待品管人員取樣檢驗，合格了才可以進行充填裝瓶的作業。這一段作業的空間可能因為空氣中的落塵或落菌，造成產品的污染。也可能因為各室製造不同的品項，投料時揚塵，造成交叉污染。因此，大部分GMP工廠皆會嚴格管控此段作業空間的潔淨度與其壓差-空氣流動方向。
官方化妝品GMP潔淨區動線的規劃，首先要斟酌工廠作業流程的順暢，再規劃人流、物流的分流，切忌交叉污染。另要注意人流、物流出入界面管控點的黑白區規劃-此部分很多工廠都弄錯流程而不自知。還有潔淨區空氣流向的壓差規劃，潔淨室的迴風設計也要注意。
另無塵室的地板，有水泥地，有磨石子，有貼磁磚，有貼大理石，如何改造?過去大部分業者皆以EPOXY環氧樹脂鋪設，但時代進步已有新興的材料可替用，兩者皆表面平滑、防水、易於清潔且能抗腐蝕性清潔劑。均可符合官方化妝品優良製造準則第14條規定。前述的水泥地、磨石子、貼磁磚、貼大理石等，唯一企管給您最適建議，不必敲敲打打省錢省工。惟EPOXY環氧樹脂施工後，若防水未處理妥善，容易造成剝離破損，就需要補丁，補丁因新舊顏色不一，嚴重影響外觀。化妝品業者可自行斟酌選用。
官方化妝品GMP潔淨區內尚有許多規劃細節，如潔淨區與一般區天花板如何裝置?要不要紫外線燈?清洗室、洗瓶室到底要在潔淨區內或潔淨區外?各室的壓差基準如何設定?機器的安裝應注意哪些細節?管道的配置?潔淨區的水泥牆如何處理?機台的排水問題? (廠辦大樓無法鑽孔，怎麼辦?)等等。硬體規劃在官方化妝品GMP驗證的過程中非常重要，因硬體不符合要求是一翻兩瞪眼沒得商量餘地，況且若不符要求，未來要修改大興土木工程也是個頭痛的問題。還有像半成品室24Hr.空調運轉問題，潔淨區溫溼度控制設定，迴風次數基準，純水系統停滯解決方案，潔淨區的3Q確效如何執行等等，一旦裝修廠商設計規劃不適當(用藥廠PIC/S等級規劃化妝品，不是不行，如果錢多，用PIC/S等級生產化妝品更嚴謹。但請思考未來運轉的能源費用居高不下，貴司可以承擔否?)，您可能多花很多冤枉錢。建議化妝品業者一定要找到對的顧問諮詢，一次就搞定。配合政府政策很重要，但是企業能夠永續經營活下去更重要。
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